Los agentes químicos que se usan para la desinfección de agua, no son los únicos métodos que existen para la inactivación de microorganismos, esto también se puede lograr por medio del calor y la radiación electromagnética de la luz ultravioleta. El calor se usa para desinfectar bebidas por el proceso de pasteurización.

La radiación electromagnética, específicamente la radiación gamma que se usa en la desinfección de algunos alimentos y la luz ultravioleta UV en la desinfección de aire, agua y superficies médicas. De estos dos tipos de radiación solo la UV ha encontrado lugar en aplicaciones de tratamiento de agua.